しかし後学のために、Ctrlなしで実現させる方法を理解しておきたいです。

まず、併用というのは単にどちらも独立に使用しているというだけであり、
例えばMGLのジェスチャーでAltDown+Tabまで行い、左クリック時にAHKで、
Altの押下が確認されれば左クリックを送信する前にAltUpを挟む、
などできるのではないかと思った次第です。