ウィンドウ閉じたらそのハンドルは破棄されるので
ハンドル保持したままにしたいなら閉じないでWinHideで非表示にして後でWinShowするしかない

完全に閉じた状態から復活(ソフト再起動)したいなら
・WinGet,...,ProcessPath　でソフトのパスを覚えておく
・必要ならコマンドライン引数も取得しておく
・WinGetTitle / StatusBarGetText 等でタイトルバーやステータスバー上のフォルダパスを取得して覚えておく

で Run, %apppath% %option%