リソースモニターで判ったことがあります。
PCSX2にフォーカスがあると周波数が100%を超えている、
要するにオーバークロックを強制されている為でした(CPU使用率は変化なし)。

AMDはカタリストでCPU電源が設定でき、更に
UEFIでもオーバークロックは手動設定にしてあるのに
その制限をガン無視してオーバークロックしてきます。

他にゲームをしていてなった事がないのでPCSX2側がヤッていそうなんですが…