ブクマに関しては新たに追加した段階で更新部分だけを随時保存するように設計すればいいだけでは？

設定も同様にアプリ終了時に丸ごと上書にせず、設定画面閉じる時に変更部分だけ更新にするとか
（これだと多重起動中の窓に関しては整合性とれなくなるけど)
もしくは多重起動中の各プロセス間で設定更新があったら通知して全窓設定再読み込みさせる仕様にするとか