L-SMASH で頑張る

SET remuxer="C:\Program Files2\DTV_cli\l-smash\remuxer.exe"

SET VIDEO="G:\movie\音声付き映像.mp4"
SET AUDIO="G:\movie\差し替える音声.m4a"


%remuxer% -i %VIDEO%?2:remove -i %AUDIO% -o "G:\movie\remux.mp4"
pause

たぶん、これをいじればできると思うけど