公式のニコ生アラートはAdobe AIRで作られていたらしいので
Flashからの脱却の一環としてニコ生アラートを停止にするのではと推測
それに伴ってAPIも廃止
ユーザーツールの為だけに存続させることはせず、公式が使わないから廃止という・・・
とはいえ仕方ないところかもしれない