それでは、私もmp4コンテナ変更バッチファイルを披露しますので、お試しアレ

1）　テキストエディタ（メモ帳でも可）で以下の通り入力する
:-----ここから-----
@echo off
cd /d %~dp0

:loop
if "%~1" == "" goto end

ffmpeg.exe -i "%~1" -c:v copy -c:a copy "%~d1%~p1%~n1.mp4"

shift
goto loop
;end
:-----ここまで-----
2)　適当な名前のバッチファイルとして保存する（例："TS to MP4.bat")
3)　ffmpeg.exeがあるフォルダに 2)で保存したバッチファイルを移動する
4)　移動したバッチファイルのショートカットをデスクトップに作る
5)　（仮で録画した.tsファイルを 4)で作ったショートカットアイコンにドラッグ＆ドロップする
6)　コマンドプロンプト画面が閉じて.tsファイルと同じフォルダに.mp4ファイルがあれば成功
※.tsファイルを複数選択してドラッグ＆ドロップすると、順次.mp4コンテナ変更していきます（50個くらいまでは大丈夫なはず）
※.tsファイル名に「全角スペース」や「半角＆」など一部文字がある場合、失敗する場合があるので、その場合はファイル名を変更するなどしてみましょう
※.H264エンコードの.flvファイルもショートカットにドラッグ＆ドロップすることで.mp4コンテナ変更ができます