今のところCCleanerはWindowsのインターネット設定に従っているようなので
HOSTS遮断や通信ブロック等の設定が煩わしい場合などは
プロキシを入れるだけでも効果があるもよう

例えばProxydomoを使用しWindowsのLANの設定でポート127.0.0.1:6060(デフォルト設定)
ローカルアドレスでプロキシを使用しないチェックで設定してProxydomoを常駐させない状態で
CCleanerを起動させるとポップアップやini設定の改竄がなくなる