普通に前回終了時の位置とウインドウサイズは覚えてると思うけどね。
macOS版ならAutomatorでNSWindow Frame mainwindowを使って位置とサイズを整えることもできる。

それで、わっちょいなしに書いたけど
3.0.6や3.0.7（それ以前の3.xでも同じだけど）のmacOS版で
動画を再生開始するとVLC以外のアプリウインドウの透過部分の色がおかしくなるバグがあるが、
気づいてる人いない？