スクリーニングの条件設定画面、フィルタを「お気に入りのフォルダ」に強制的に変えるには、
ScreeningDialog.cs の一番上の方
_filterBox.SelectedIndex = 5;//0から5に変更

たぶん、フォルダ指定もしたいという話だと思いますが、それは自分もわからなかったです。
SelectBookmarkFolder.csの_treeViewを見ればできるような気もする。