互換性はあると思うけど、ちょっと状況が分からないのでアドバイスも難しいですね。

ところで、Options.confといえば、書き込みに失敗すると0バイトファイルになってしまう、あの仕様はちょっと改めた方がいいと前々から思っていました。
起動時にコピーを作って、OmegaChart起動時に、Options.confが0バイトだったら、コピーを読む仕様にすればいいか。