ゲストの中からディスクイメージングツールとかを起動して、
肥大VMDKの中身を→新VMDKと複製すると
肥大化も断片化も解消、速度もそこそこ早くてうまー
その前に肥大VMDKから余計なファイルを消しておく必要あるけど