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設定保存してる？
保存してないなら保持されないから、起動する度に設定変更しなきゃいけない。

設定の保存方法は、上部メニューより
plugin → Save Program as... →　名前を付けて保存

次回起動後に保存した設定ファイルを読み込む
plugin → Load Program →　上で保存したファイルを選択