うーん…うちでは雷豆+のcomannd.datはルートに置いても認識されるから、一旦ルートに置いてみてダメだったら一度雷豆+を再インストールしてみるとか
ちなみにcomannd.datは2016-5-7 v0.168 - Mame Plus!版最終バージョンの文字コードをUTF-8（BOMあり）からshift-jisに変換した物で無いと文字化けするはずだから注意