RetroPieでのMAMEエミュで質問です。

MAMEエミュ：lr-mame2014(MAME0.160)とlr-mame2003(MAME0.78)
ROMファイル：源平討魔伝
lr-mame2014(MAME0.160)とlr-mame2003(MAME0.78)
両方のCompatibility Listに載っているタイトルの同一ファイルが、lr-mame2014では動くがlr-mame2003では
ファイル不足で動かないという場合、中ではどのような事が起きているのでしょうか？
また対処としてはROMファイルに単純に不足ファイルを追加してzipで固め直すのと、エミュ側を更新するのと
どちらが一般的なのでしょうか？