確認済みCRCと一致してるなら少なくともゲーム側の問題じゃあないね
他の環境だと動作してる以上そのエミュ自体の実装不足でもない
あと出来ることはエミュの設定を保存してるファイルを削除してクリーンな状態で動作させてみるか
BGBやSameBoy、BizHawkなど他のエミュを使うことだな