GUIで入力したコマンドラインをCUIに一括で渡したいのですが
よさそうなツールはありませんか?

用途はZIP圧縮とcrypt暗号(共通鍵)です。
1ファイル毎に、ファイル圧縮と暗号、復号とファイル解凍、を同時にしたいのです。