configurationは構造的な部分も含めたような規模の大きな変更という意味合いの設定で
setupはすでにある部品を組み立てる場合のような決まった構造や仕組みの中での設定という要素が強くて
setting(s)は部品も組みあがった上での数値的な微調整というような意味合いでの設定、ということなのか・・・

たしかに一単語に和訳しろっていったらまずは「設定」なんだろうけど、
英語では使い分けされているのだから設定ファイル」で問題なくね？は問題なくないですな