832見て思ったんだが、VFRなMP4動画って出力時にVFR->CFRしなくても編集出来そうじゃね？

映像→VFRのまま読み込んで編集したら映像だけ出力
音声→CFRにして同じ時間のところで編集して出力
タイムコードtxt→timecode v2 では1行毎に1フレームごとのフレーム継続時間が書かれてるから、
映像のトリム情報に従ってカットした行を消す

で作った3つを合わせたら音ずれしない気がする