既定の動作のフィルタなどで、「特定のフォルダ」のみでの動作はできないでしょうか？
たとえば、
・xxx-atom内の特定の拡張子のファイルはatom
・xxx-vscode内のものはvscode
で開くみたいなことはできないでしょうか？

VBScriptやJScript内でパス名をチェックしても実現できると思いますが、
すべてのフォルダでスクリプトでチェック動作させるのもいまひとつなので。