フォルダ設定で混在ソートを記憶しようとするとソート設定の所が無記入(FV.SortColumn='';)になるから
フォルダ設定で覚えさせるのは無理だね

混在ソートの説明に「一時的にファイルとフォルダを混在して並べ替える。」ってあるから
一時的にしか設定できないってことだと思うよ