テキストのみ貼り付けをデフォルトにしたり、元URL貼り付け機能をオフにする設定なら
OneNote for Windows 10でもできた
ショートカットキーがある方がいいけど、テキストのみ貼り付けの方が
頻度が高いなら設定変更で少しマシになるかと

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貼り付けのオプション