普通に再生するのであればビットパーフェクトになっているのは間違いない
ではなぜバージョンによって聴こえ方が違うのか
ヒントはSox Resampler、Resampler処理の周辺に何かしらの関係があると思う
人によってリサンプラーは使ってない人もいるしリサンプラーの品質をHigh QualityにしてたりVery Highにしてる人もいるだろう