Chromium同梱版 Windows7　Sushi0.28.1
　　
・マウスジェスチャで最後に閉じたタブを開く、タブを複製、新しいタブを実行すると
　存在はするけど見えないタブが出来る
　 →すみません。こちらも何度か試したみたのですが、再現しませんでした。
　　 マウスジェスチャの設定以外に、特別な条件がありますでしょうか。

よくは分かりませんが特別な条件はないかなぁ
役に立てるか分かりませんが試しにSushiのマウスジェスチャを切って
拡張のsmartUp Gesturesを入れて最後に閉じたタブを開く、タブを複製、新しいタブを実行すると
全く同じ挙動になるわけではありませんがほぼ同じになりました（タブを複製は通常の挙動だった）
例えばGoogle検索で何か検索してタブの複製ジェスチャを5回すると
1つのタブの上に同じ物が5回重なっていきます、閉じるジェスチャを実行すると上から1つづつ閉じれます

感覚的に言うとリンクを強制的に新しいタブで開くの設定をしないで
リンクを開くと1つのタブでどんどん開かれ戻る進むボタンで進んだり戻ったり出来るのですが
このバグは1つのタブで起きてる事なのに戻る進むが押せないんです
しかも1つづつジェスチャで閉じることが出来る
5枚タブが重なっていたときに他のタブを選択すると4枚が見えないタブになります
見えないタブが出来るとそこからタブの挙動がおかしくなります
拡張のSessionBuddyで今現在の表示されているタブを見てみると見た目には見えないタブが表示されます
SessionBuddy設定からそれも閉じれます、全てのおかしいタブを閉じると通常の挙動に戻ります