ここで聞いていいのか分からないけど、Android版のATOKって、
当たり前だけどユーザー辞書ファイルひとつしかないのな…。

PCから顔文字をテキストファイルにダンプして読み込ませたら、
どれも候補の最初に出てきて普通の変換がやりづらいったら
ありゃしないんだけど、これ末尾に来るようにはできないのかな?

顔文字の類いは単語登録じゃなくて、「Myコレ」ってのを使った方が
いいのかもしれないけど、これは通常の辞書テキストファイルとは
フォーマットが違うから、そのままでは読ませられない。