PCSX2でメタルギアをやる時は

○ボタンを○のsensitivity(ボタン感圧)0.5
方向キーの右を○ sensitivity1.0
方向キーの下を□ sensitivity0.035 に設定するといい
敵を拘束したとき首を切らずにホールドできる
十字キーの右で首を切る、これは3DS版と同じキーコンフィグ
銃を□で構えて方向キーの下で構え解除できる

の設定で支障なくクリアできたよ、ここの過去スレにこの設定書かれてたの。