>>719
VLCに限ったことじゃないけど
バージョンによって仕様がころころ変わるしおそらく個人のPC環境でも変わると思う。
VLCに限った話では、昔は結構しっかり作っていたんだけど最近は結構いいかげん
新しいバージョンになると必ずと言っていいほど不具合が出てる
今のところ最も安定していると言われている2.28ですら
一部のDVDが再生不能などの不具合がある(2.15なら視聴可能)

よって
Q.このような使い方をすると当然こうなりますよという仕様ですか?
A.3.04特有の仕様なのかどうかは不明だが、セキュリティ関連以外では、最新版が常に良いとは限らない
  また、プロセスが残るのはVLCに限らず、例えばHDDの寿命に近くなると読み書きが遅くなることもあるが
  容量の大きい動画ファイルを連続でクリックするとVLCの応答がなしになり、固まる場合もある
  なので、なんともいえないと思う

Q.こうならないような方策があるのであればそれを知りたいです
A.まずは、ツール>設定>シンプル>ビデオ のと「ハードウェアによるYUV-〜」と「アクセラレーテッド〜」をOFFに
  これでダメならバージョンを落として(変えて)みては?上記の2.28とか。(個人的には2.15がおすすめ)

あとね、こんなこと誰も書いてないけど
俺環では 調整とエフェクト>基本>シャープ化 がONになってると
ファイルによっては一部にブロック欠けとか再生に不具合が生じる(全部の動画ファイルではなく)
ジオメトリだのオーバーレイだの、他の設定を弄っている箇所があれば、それをOFFにするといいかもしれない