凝ったことしなくてもOSがWindowsだとすれば
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"C:\Program Files (x86)\Vivaldi\Application\vivaldi.exe" "https://pubs.acs.org/doi/%1";
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をDOI.BAT
にして
コマンドプロンプトで
>DOI 10.1021/jo0349227
とするだけでも楽になるのでは