起動時に前回のスレ消える人って、Jane終了した後にすぐOS終了してない？
Janeのウインドウが消えた後も裏でメモリー解放作業とかの終了処理で少し時間かかって
その後で設定の保存してプロセス終了になるから
Jane閉じたと思ってすぐOS終了させると設定保存がうまく行ってなくて
設定ファイルが壊れて初期化される事があるよ
ちなみに終了処理は開いてるスレや画像が多いほど時間がかかる