これだけではなんとも言えないけど、時間がやたらかかる場合、自分なら論理/物理障害も一応疑うな
とりあえず物理的に別の内臓HDD/SSDや外部のストレージ等があれば、現状のProgramFilesを含む
システムドライブ全体のバックアップをオススメしておく
現状の最新を確保できれば、このあと手探りで修復を試みて万が一マズイ状態になっても安心だろう