>>67さんがATOK使ってる会社のソフトウェア管理ポリシー次第だろうけど、
個人でソフトウェアインストールしていいならPassport契約してATOK Syncで
同期するのが一番楽だと思う。
そうでないならバックアップツールで移すしかないかな。
個人が持ち込んだUSBメモリとかを使えない規定とかセキュリティポリシーだと
設定内容をメモ等とってから手動設定かなぁ。

とりあえず会社の規約等を確認した方がいいとは思う。