いずれも時間がかかりそうですね・・・

>>350をキャプチャーして一個の動画にしてしまう。
作業自体は簡単だが、2時間の映画なら動画を作るのに2時間かかる。その間PCはいじれない。

2つの字幕をそれぞれ焼き付けて2つの動画を作る。動画編集ソフトで>>350のように映像をずらして動画を作る。
作業がちと面倒。