追加オプションに
--stretch-image-subs-to-screen=yes
を追加すると、もしかしたら位置が変わって重ならなくなるかも？
その際に、さらに
メニュー→ビデオ→フィルター→黒枠の追加
とすればどうなるか？
運が良ければずれて重ならないかも？

おバカな解決方法としては、SMPlayerを2つ起動して重ねて下部分空けてもう一つのプレイヤーで別の字幕を表示する。
こうすればどうですか？ｗ
┌─────┐
│　　　 　　　　│
│　　　 　　　　│←英語字幕
└─────┘
└─────┘←日本語字幕

SMPlayerにはタイトルバーだけになるコンパクトモードってのがあるのでそれにすれば字幕がかなり近い位置になります。

一時停止を繰り返す場合はずれて大変ですが・・・