字幕については詳しくないのですが調べてみました。

まずはここの使える字幕ファイルってところに字幕の種類が解説されてます。
https://freesoft.tvbok.com/old-tips/tools/old-handbrake/handbrake-subtitles.html

ビットマップ字幕の可能性が高い。
いわゆるその位置に字幕が表示された画像なので位置を変えられない。
>>337でも説明されてます。
上の字幕は--no-sub-assなので位置情報が削除されてるはず、
なのに下に表示されるってことはビットマップの可能性が強いです。
さらに字幕の描画が違いすぎるので、これもビットマップってことでしょうか。

SSAの可能性はないと思いますが、
設定→字幕→フォントと色→ASSファイルにもスタイルを適用する
を有効にすると、上のカスタムスタイルが使用されるので、配置→垂直の設定が使われると思う。
もしくはカスタマイズ部分のテキストをバックアップ後にクリアしてみるとどうなるか？

そっかそっか。字幕を2つ表示する話でしたね。かりにVLCでできたとしてもビットマップだったらだめでしょうね。

用語集
ハードサブ：映像に字幕を焼き付けたものでON/OFFできない。位置調整やフォントなども変えられない。
ソフトサブ：映像と字幕ファイルは別でON/OFFできる。字幕ファイルは動画ファイル内にあるものと、外部の字幕ファイルなどがある。
字幕ファイルはテキストやビットマップなどがある。