時間かかったが、ようやくすべての問題が自己解決できた。
環境設定>詳細設定>Mplayer/mpvのオプション入れるところで、
例えばディスプレイの解像度（動画の解像度ではない）が1280x1024なら、
--vf lavfi=[scale='min(1280,iw)':min'(1024,ih)':force_original_aspect_ratio=decrease]
と入力する。これでいけた。

過去スレでは「--autofit-larger=100%」とか出ていたので試したが、
これは理由は未だによくわからんが、全く効かなかったな。

自分としては本当はmpc-hcがベストなんだが、
wmvやmpgのシークだけはどうカスタマイズしても遅いので
それらに関してはこれからSMPlayerを使っていこうと思う。
見た目などはカスタマイズしてmpc-hcとほぼ同じにできたし
今回の件を解決したことで使い勝手もほぼmpc-hcと同じになって満足だわ。