ブラウザ側で既定のブラウザに設定しても再起動すると設定が外れる現象 @win7 64bit
解決できたから報告

【A】コントロールパネル→既定のプログラム→規定のプログラムの設定
【B】コントロールパネル→既定のプログラム→プログラムのアクセスとコンピューターの既定の設定→カスタム

まず【A】を見てwaterfoxがないなら自分と同じ症状の可能性
【B】で既定のブラウザをwaterfoxに、「このプログラムへのアクセスを有効にする」にチェック
【A】にwaterfoxがあれば対処は終わり
ブラウザのオプション画面で既定のブラウザになってるのを確認。ブラウザ再起動しても設定を維持しているか確認