まずそのプログラムの作業フォルダが、プログラム自身と同じ場所を指しているか確認
・ランチャーに登録されたプログラムを右クリック -> 項目の設定 -> 項目の実行 -> 作業フォルダ
ここが他の場所を指していると正しく動作しないプログラムが存在する
挙動はそのプログラムによって様々だが、設定を読み込めず初期状態で起動する等がある

この場合は参照先と同じフォルダに設定してやれば正しく動作するようになるかもしれない
またポータブル版としてインストールしている場合はドキュメントフォルダに固定される
変更しても元に戻るのでポータブル版としての利用をやめるしかない