Radikoolが再生にmplayerを使っているとすれば、これが原因かも知れない
最新版のmplayerでもおかしいままなので、これ変えない限りどうしようもなさそう

録音の方は、さっきRadikoolで録音テストやり直してみた所、音飛びせずに録音出来ていた
ffmpegで直接録音した場合でも、不具合は発生していないっぽい
前に出来上がったファイルがおかしかったのは、サーバ側の一時的な不調だったのかも知れない

とりあえず録音はRadikool、再生は公式と使い分けるのが無難か