>また、ハッシュも違い、存在しないファイルがマークされてしまうこともあるのですが
>この再現性の条件ははっきりしておりません。
原因がわかりました。
メニューにある[検索(S)]から[重複ファイルを検索(X)]をした際の動作が
：FindDuplDlg_LRの重複ファイルの検索ダイアログのコマンド
が並列で同時に動いていることがわかりました。
メニューにある検索は、カレントフォルダ以降のものを検索するコマンドではありませんでしたっけ？
検索で表示される内容も違うようですし。