不具合報告です
名前の変更のタブにある「設定」の「その他」の設定項目です

全ファイルを選択して一斉置換
そのうち一つのファイルで[2カ所置換される条件]の対象がある場合
1つの置換条件しか動作しないようです

選択されたファイルで置換対象の条件が複数ある場合、置換適用が無くなるまで
LOOPで回るようにすると解決するのでは？と素人ですが

確かめて頂くと幸いです