ONEDRIVE等、クラウドで出ていた「ディレクトリが空ではありません。」エラーの原因がわかりました。
OSが階層下の更に下を含むファイルを掴んでいる状態で、上のディレクトリから削除を行うと
「プロセスはファイルにアクセスできません。別のプロセスが使用中です。」というエラーが発生すると共に
「ディレクトリが空ではありません。」が表示されることがわかりました。
クラウドとは関係なく、削除されたものとしてファイラが対処してるために「ディレクトリが空ではありません。」が出るようです。