うーんFirefox 57で
フォルダA
　フォルダB
　　ブックマーク250個ぐらい
という状態で
Ctrl+Shift+Bでブラウジングライブラリーを開いて
インポートとバックアップ→バックアップでバックアップ(bookmarks-日付.json)して
インポートとバックアップ→バックアップ→ファイルを選択
で復元したが
例えばフォルダB内に普通にフォルダは作れるね
HTMLエクスポートも正常
Firefoxのブックマークインポートエクスポート自体はちゃんと動いていると思う