最初に起動したFirefox（1）でサーバーと同期
Firefox（1）　→　サーバー

後から起動したFirefox（2）がサーバーと同期して
最初起動したFirefox（1）と同じにされる
Firefox（1）　＝　サーバー　→　Firefox（2）

同期終了後
Firefox（1）　＝　サーバー　＝　Firefox（2）
で同期になって

その後は各Firefoxでブックマーク書き換えたら
サーバー上のブックマークデータ書き換えで他のFirefoxも書き換えられる
こんな感じじゃね？
別の場所とか関係ないと思うが