EMMENABLEはEMM(契約更新情報)をカードに送るかどうか
ECMENABLEはECM(暗号化されたスクランブルキー)をカードに送るかどうか
それぞれ独立で設定できる
0.5.5.0とかの頃の標準状態は、EMMはオフ、ECMはオン相当の動作だったはず

少なくとも普通のカードリーダーを使ってるのなら、どんな組み合わせの設定をしても
winscard.dl_なんてものが必要になる事は無いよ(俺の家では3年弱ずっとそれで動いてるし)

ptTimer.iniを書き換えるのは一旦ptTimerを停止してからやるのが無難