新しいのを使わないといけないって決まりはないから変えたくないならそのまま使い続ければいい

サブフォルダ読みにいくには以下4か所を変更
WebApi.cs
1. 325行目を変更してサブフォルダのTSファイルも削除可能にする
var file = Directory.GetFiles(AppDefine.Main.Data["record.folder"], record.File, SearchOption.AllDirectories)[0];
2. 336行目を変更してサブフォルダのTSファイルもファイルチェック可能にする
var files = Directory.GetFiles(recFolder, "*.ts", SearchOption.AllDirectories);
3. 404行目を変更してサブフォルダのTSファイルも登録する
var files = Directory.GetFiles(AppDefine.Main.Data["record.folder"], "*.ts", SearchOption.AllDirectories);

VideoStreamReader.cs
4. 106行目を変更してサブフォルダのTSファイルも再生可能にする
var path = Directory.GetFiles(AppDefine.Main.Data["record.folder"], rec.File, SearchOption.AllDirectories)[0];

意図的に1を変えないことでTvmaidからは録画フォルダ直下のTSのみ消せるようにできる
サブフォルダのTSを削除しようとしても一覧から消えず削除もされない
自分の場合フォルダ分けした＝消したくないファイルなのでそうした
PCでサブフォルダの整理をしてからTSファイルを登録すればいい

あとこの変更には必要ないけど.csprojの"<HintPath>H:\project\TvmaidMAYA\lib\"を"<HintPath>..\lib\"にすればライブラリを相対パスで参照できる