ヘルプに書いてある通りのコード(AAA)を入れてるのに勝手に変換されるのは有難迷惑だと思うけどな・・・
それに、修飾子([~gengou]等)はロケール設定と違う表示をさせたい時に付けるものだから、
ロケールが日本語ならそもそも無くても良いんじゃ・・・
と思ってちょっといじってみたけど、なんか挙動がよくわからないや
[~gengou]付けても効いてないように見える

それはともかく、ちょっといじってみたところ
・書式コードをNNを使ってM/D"("NN")"にする
・ロケールを日本語から変えるかもしれない場合は、セルの書式の言語を「日本語」
　(「標準-日本語」ではなく)にした上で書式コードをM/D"("NN")"にする
としてやれば、保存しても化けないみたい
(Win10、5.2.3)