同期にiTunesを使うとして、MusicBeeで編集したファイルをiTunesに差分同期させるためには、その都度iTunesライブラリから削除→再インポートする必要があるんじゃないかな。
MusicBeeは標準からずれたタグ編集はしないので、iTunes側で不具合は起こらないと思う。MP3のギャップレス情報も、両者互いに互換性があるので大丈夫。
あと、MusicBeeも決して軽いわけではないので過大な期待はせぬよう... SSDにインストールすればiTunesと言えども一瞬で起動するよ。