そもそも、RG値が既にある(MBが認識してる)ファイルは、たとえ
音量解析を指示してもMBは解析をスキップするはずなんだがな。
RG値を削除(「オリジナルの音量にする」)をやらんと、再解析は
してくれないぞ。

尚、ID3v2タグを編集・保存すると、MBが認識してるRG値(=APEv2のRG値)を
ID3v2にも当然書き込む。
同じ値が書き込まれてるだけじゃないのか?

或いは、順序が逆(先にMBか或いは他ソフトでID3v2にRG値書き込み、その後に
MP3Gain使った)の可能性は?