WAVでタグ類を消してまっさらな状態にするには、タグ引き継ぎ機能のない
簡便な変換ツールでWAV→WAV変換するのが一番簡単。音質は変換しても
変わんないしね。

タグ編集ソフトの類によるWAVタグの削除だと、「LIST」とか「INFO」とかの
チャンクヘッダを「JUNK」に書き換えることで無効化してるだけのものが意外と
多いよ。mp3infpやSTEP_Mはそうだった。
色んな編集経緯を経たファイルだと、真っ当なツールで「LIST」チャンクや
「INFO」チャンクを完全消去しても、既に出来ていた「JUNK」チャンクが
残ってしまう可能性がある。

MP3TagでFLAC(FLAC)と表示されるのは、VorbisCommentで間違いないよ。
手元にある、テスト的に作ったID3V2タグ付きFLACは、（ID3v2）と表示される。