BIN＋CUE形式で吸い出し直して統一したほうがいい
1つのファイルで済む形式よりファイルの管理は面倒だけど
すべてのPSエミュレータに対応できるし
isoのみの固有の問題も起きない

コレクターにとってはきつい作業だろうけど